Los regímenes especiales suponen un tratamiento específico en favor de determinados sectores de actividad (agricultura y ganadería, comercio de bienes usados, agencias de viaje), o en favor de determinados tipos de empresas (pequeñas y medianas). Son los siguientes:

1. Régimen especial simplificado
2. Régimen especial de bienes usados y régimen especial de objetos de arte, antigüedades y objetos de colección
3. Régimen especial de las agencias de viajes
4. Régimen especial de la agricultura, ganadería y pesca
5. Régimen especial de Comerciantes Minoristas
6. Régimen especial aplicable a las operaciones con oro de inversión
7. Régimen especial del criterio de caja
8. Régimen especial del pequeño empresario o profesional (REPEP)